В края на Палеозоя, преди около 230 млн.г., в района, където днес се издигат Белоградчишките скали, се наслоили песъчливо-мергелни скали. По-късно те били заляти от море, на дъното на което се отлагали пясък, чакъл и глина. С течение на времето тези материали били свързани от пясъчно-глинеста спойка. Така се получили конгломерати и пясъчници. Червеникавият цвят се дължи на железните окиси и хидроокиси. Като резултат на младоалпийския тектонски цикъл, комплексът се нагънал и се показал на сушата, като районът на Белоградчик попаднал в центъра на една голяма пукнатина. Под влияние на водата, ветровете и колебанията на температурата, варовиците от тези части се разрушили и разкрили силно напуканите конгломерати. Така в продължение на милиони години, природата е изваяла от безформения камък скулптури на митични същества, хора, животни и птици. В пясъчника и варовика се образували и над 100 пещери. Тези скални колони, образуват естествена крепост, чийто отбранителен потенциал е бил експлоатиран от древни времена.
Днес Белоградчишките скали се разпростират на приблизително 30 км. дължина, 3 до 5 км. ширина и до 200 м. височина. Най-величествените скали обграждат Белоградчик: Мадоната, Конникът, Монасите, Ученичката, Лъвът, Мечката, Адам и Ева, Замъкът. От терасата на прочутия р-т „Мислен камък“ може да се наблюдава безкрайната панорама от зъбери, скали, пропасти, тучни поляни и прохладни долчинки с бистри ручеи, а далеч в синевата са спокойните очертания на Стара планина. Флората около скалите включва много ендемити, специфични за Балканите и записани в Червената книга на България. Животинският свят е представен от скален орел, бухал, малък лешояд, черен щъркел, вълк, глиган, благороден елен, сърна, сънливец и други.