Планината е разположена надлъжно от северозапад на югоизток между долините на реките Струма и Места и котловините по тях. На север граница с Рила е седловината Предел, а на юг - Парилската седловина, която отделя Пирин от планината Славянка. На изток е разположена планината Родопи, а на запад - Влахина, Малашевска и Ограждан планина. В полите на Пирин са оформени и няколко полета като Разложкото, Гоцеделчевското и Петричко-Санданското. В морфоложко отношение Пирин се поделя на три части : Северен (висок), Среден и Южен (нисък) дял.
Северен Пирин е същинската част на планината. Той се простира от седловината Предела до Тодорова поляна. Северен Пирин е най-големият (74% от общата площ на планината), най-дългият (42 км по права линия), най-високият, най-красивият и най-посещаваният дял. Наброяват се около 60 върха с височина над 2500 м. Тук е първенецът – връх Вихрен (2914 м), както и другият, надвишаващ 2900 м връх - Кутело (2908 м). Други върхове тук са: Бански Суходол (2884 м), Голям Полежан (2851 м), Малък Полежан (2822 м), Каменица (2822 м), Баюви дупки (2820 м) и много други, както и уникалният карстов ръб Кончето, който не слиза под 2810 метра. По Северен Пирин се редуват карстови и гранитни била, но трите най-високи върха и ръбът Кончето се намират именно на главното карстово било, заедно с няколко други високи върха и интересни странични ръбове - Стъпалата, Средонос, Котешкия чал, Църномогилски чал. От централното било на Северен Пирин се отделят 4 главни отклонения. От север на юг това са: Синанишкото, което носи името на най-красивия връх - Синаница (2516 м) - един от най-импозантните и посещавани в цялата планина. Най-високият връх на Синанишкото отклонение е връх Георгиица (2589 м); Тодориното отклонение - с най-висок връх Тодорин (2746 м), по чиито северни склонове се намират най-добрите ски-писти в Пирин; Полежанското - с най-висок връх Голям Полежан (2851 м) с едни от най-красивите пирински върхове - Дженгала (2730 м), Стражите (2810 м), Газей (2761 м), Дисилица (2700 м); Каменишкото, с най-висок връх - Каменица (2822 м), красиво и величествено с върховете си Малка Каменица (2679 м), Яловарника (2763 м), Зъбът (2688 м), Куклите (2686 м).
В този дял на планината се намират и всички ледникови езера, като сред най-интересните са: Бъндеришки езера, Василашки езера, Георгийски езера, Влахински езера, Валявишки езера, Кременски езера, Самодивски езера, Газейски езера. Най-голямото езеро в Пирин е Поповото (Папазгьол) - 124 дка, което е и най-дълбоко - 29.5 м. Най-високото ледниково езеро на Балканите е Горно Полежанското (на 2710 м). Особен интерес представлява с местоположението си, големината, красотата и с мястото си в нашата история Тевното езеро - един от символите на Пирин.
В Северен Пирин се намират и почти всички средства за подслон. Хижите и заслоните са на разположение на планинарите през цялата година. Маркировката (лятна и зимна) е изключително ясна и чудесно поддържана.
Среден Пирин е най-малкият по площ – 6.7% и най-късият дял. Простира се между Тодорова поляна и Попски преслап. Най-високият връх на Среден Пирин е Ореляк (2099 м), на който се издига телевизионна ретранслаторна кула. Други по-известни върхове под 2000 м. са: Баба, Чала, Сеното, Мурата. Този дял е изграден от кристалинни шисти и гранит, като на юг преобладават мраморизирани варовици. Тук има само две хижи - Попови Ливади и Малина. Единственият маркиран маршрут минава по билото на Среден Пирин.
Южен Пирин заема 19.3% от общата площ. Това е най-ниският, най-заобленият и по-слабо посещаван дял на планината. Простира се на юг до Парилската седловина. Най - високият му връх е Свещник (1973 м), следван от Моторог (1970 м), Ушите, Сарапеля и др. Този дял е изграден от гранити, а в периферията - от мраморизирани варовици. Те са със заоблени форми. Има само един маркиран туристически маршрут между хижа Попови ливади и село Петрово, като част от международния път Е-4.